大闸蟹身体分为头胸部、腹部和附肢，各部分特征明显。
头胸部由头和胸愈合而成，外被坚硬的头胸甲，颜色随环境有所差异，一般为青绿色。头胸甲形状近似方形，前端有一对复眼，具柄能活动，可敏锐感知周围环境；还有两对触角，第一对触角较短小，第二对触角较长，用于触觉和嗅觉，辅助大闸蟹在水中探寻食物、识别方向。
腹部退化并折叠在头胸部下方，俗称“蟹脐”。雄蟹腹部呈三角形，较为狭长；雌蟹腹部则为圆形或椭圆形，较为宽大，在繁殖季节可用于抱卵。
附肢包括五对胸足，第一对胸足特化为螯足，强大有力，表面有绒毛，用于捕捉食物、防御天敌以及争夺领地；后四对胸足为步足，较为细长，末端尖锐，适合在水底爬行、攀爬和游泳。大闸蟹的步足还具有独特的“横行”特点，这与其身体结构和关节构造有关。
