羊肚菌保存要实现最佳效果，可根据不同情况选择方式。
新鲜羊肚菌数量少且短时间内食用，可放冰箱冷藏。先将其用厨房纸吸干表面水分，装入保鲜袋或密封容器，温度调至0-4℃，能保存1-2天。
若想长时间保存新鲜羊肚菌，可冷冻。把洗净晾干的羊肚菌放入保鲜袋，挤出空气，放冰箱冷冻室，温度调至-18℃左右，可保存几个月。烹饪前取出解冻，口感和营养损失较小。
还可将新鲜羊肚菌制成干货保存。先把羊肚菌洗净，用厨房纸吸干水分，再均匀摆在烤盘，放烘干箱，50-60℃烘4-6小时，或在通风良好、阳光充足处晾晒2-3天。待完全干燥后，装入密封袋或密封罐，放干燥阴凉处，能保存1年以上。
