羊肚菌保存得最好的方法因情况而异。
新鲜羊肚菌若想短期保存，可直接放冰箱冷藏，温度调至 0 - 4℃，能保存 3 - 5 天，这种方式可较好保持其新鲜度与口感。
要是想长期保存，可选择烘干法。先将新鲜羊肚菌洗净，按大小分开，用烘干机或放在通风、有阳光处烘干，但注意温度不宜过高，一般 40 - 50℃，烘至完全干燥，之后装入密封袋或密封罐，放在干燥、阴凉处，可保存一年左右。
冷冻保存法也可行。把洗净的新鲜羊肚菌放入保鲜袋或保鲜盒，挤出空气，放入冰箱冷冻室，温度调至 -18℃左右，能保存几个月，食用时取出解冻，不过其口感和质地可能会略有变化。
还可以制成盐渍羊肚菌保存。先把羊肚菌洗净，放入开水中焯 3 - 5 分钟，捞出沥干水分。准备浓度 15% - 20%的盐水，煮开后晾凉，将羊肚菌放入盐水中，盐水要没过羊肚菌，再加入适量柠檬酸调节酸度，最后密封好，放在阴凉处，可保存较长时间。
