储存佛跳墙时，冷冻储存和冷藏储存各有特点，具体哪种更恰当取决于储存时长。
如果短时间内（2 - 3天）就会食用佛跳墙，冷藏储存比较合适。将佛跳墙放入密封容器后置于冰箱冷藏室，温度一般调至0 - 4℃。这样能保持菜品相对较好的口感和风味，拿出来稍作加热就能食用，较为方便。
要是需要长时间保存佛跳墙，比如数周甚至数月，冷冻储存会更恰当。把佛跳墙装入密封袋或密封容器，排出空气后放入冰箱冷冻室，温度通常在-18℃左右。冷冻能抑制微生物生长繁殖和酶的活性，可长时间保存佛跳墙，但冷冻后的佛跳墙再次食用时，口感可能会与新鲜时稍有差异，加热时间也会相对长一些。
