1、从NCBI网站上查找相应基因(如小鼠KL14基因)的编码区,即CDS序列。
2、根据KLF14 CDS设计相应的引物,PCR来扩增KLF14的编码序列,即KLF14的cDNA
3、将扩增出来的cDNA序列连接到PGEM-Teasy载体,蓝白斑筛选,挑取白斑摇菌,提质粒,EcoR I 酶切鉴定,然后送测序
4、测序正确后用性内切酶把cDNA切下来连接到pcDNA3.1载体(很重要的一种表达载体)上,做报告基因实验。
5、双荧光报告基因检测其对下游的靶基因启动子有作用以后,用合适(HindIII和XhoI)的性内切酶将连接到pcDNA3.1上的KLF14 cDNA切下来,凝胶回收,同时也切pAdTrack-CMV 回收。把KLF14 cDNA连接到pAdTrack-CMV载体上。
6、在包装腺病毒之前要先用western检测一下连接到pAdTrack-CMV的KLF14的cDNA能否表达出蛋白。把第5步连接好的质粒用转染试剂转染293A细胞,然后收细胞(RAPI裂解液,加蛋白酶抑制剂),提取蛋白,做western,杂标签抗体(Myc或Flag)。只有在293A细胞有表达之后才可以继续包装。
7、在第5步最好多提取一些连接好的KLF14 cDNA-CMV质粒,浓度高点。然后用PmeI酶切,让这个质粒线性化(大概要切10ug左右,50ul的体系)。然后跑胶回收切开的质粒,一般PmeI都可以完全切开,大概要回收3-4ug。
8、将回收的线性化产物加入到BJ5183感受态细菌中(该细菌中已经含有pAdEasy-1质粒),电转化让其发生重组。然后在kanamycin抗性的平板上筛选,就按一般的热激,涂板的方法转化就可以。因为重组后的pAdTrack-CMV-KLF9+ pAdEasy-1非常大,大约41.5kb,所以要差不多在37度细菌孵箱中生长16-20h才可以,即使长出菌落,也是非常小的那种。非常大的菌落肯定不是重组上的。
在kanamycin抗性平板上筛选,是因为pAdTrack-CMV质粒上有Kan抗性,而pAdEasy-1则没有任何抗性。理论上讲只有重组上的质粒才有可能在有Kan抗性的平板上长出菌落。
9、挑取小菌落,提取质粒,然后用PacI酶切,鉴定是不是重组的质粒。
酶切鉴定时要设置两个对照,一个pAdTrack-CMV-KLF9(约11kb),另一个是pAdEasy-1(约34.4kb),重组质粒大约41.5kb。将这三个质粒都用PacI酶切。
1pAdTrack-CMV-KLF9含有两个PacI酶切位点,会切出3kb和8kb两条带
2pAdEasy-1只含有一个PacI酶切位点,跑胶时只会有一条比较大的带34.4kb
3重组的质粒也有2个PacI酶切位点,切开后会有两条带,一条和①中的一样3kb左右,另一条则是非常大的一条带,比②中的条带还大,或者差不多大
10、鉴定正确以后,将从BJ5183菌株中提取的质粒,转化到DH5a感受态中大量扩增。然后提取质粒,浓度也不会太高。(电转以后的BJ5183菌株不能保存菌种的)。
将提取的重组质粒用PacI切,让它线性化,一般要切10ug,50ug体系37度酶切8h以上。然后加3倍体积的无水乙醇-80℃沉淀过夜。之后12000rpm,4℃,离心15min,弃去上清液,再用75%的乙醇清洗一次,晾干后用ddH2O溶解,不要加水太多,然后测回收的浓度。
11、把回收到的线性化重组质粒用lipo2000转染293A细胞(脂质体的转染效率强),转染的时候液体都要用无血清的DMEM培养基,转染完6h以后换液。转染的时候293A状态要很好,密度在百分之七八十。(用细胞培养瓶,不能用培养皿)
转染之后的3-4天不要动,之后每天可以观察一次有没有出现绿的噬菌斑,在此期间不能换液,只能一点一点的补加DMEM,直到细胞变的全部绿,有50 %左右漂。
12、等到细胞全绿以后,把培养瓶的细胞冲匀,离心,这是第一轮的病毒,利心丸的上清也要好好保留,细胞沉淀用PBS溶,然后液氮反复冻融3次,让病毒释放。用第一轮裂解的病毒上清感染293A得到第2轮的病毒。