Ligplot 安装 _ 使用方法总结

ligplot是免费、开源的分子显示软件，可以显示分子间氢键、疏水作用。

安装－－Linux

解压至/usr/local/

形成目录/usr/local/ligplot

定义环境变量及路径：

export ligdir=/usr/local/ligplot

export hbdir=/usr/local/ligplot

PATH=$PATH:$ligdir:$hbdir

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安装－－ Windows

ligplot解压后，形成ligplot文件夹，包含4个cmd文件以及一个exe文件夹，其中的cmd文件中定义了exe文件夹的位置，默认在C:\\ligplot\\exe

如下：

set ligdir=c:\\ligplot\\exe

ligplot可以安装在C盘根目录（默认），也可以安装在其他目录。由于ligplot解压后仅5MB，建议安装在C：（下面方法1－2－2））

方法1：

1、解压在C:盘：C:\\ligplot

2、根据下面任一方法安装：

1）添加系统环境变量和路径：

win+r -> cmd ->

path=%path%;C:\\ligplot

2）将C:\\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至c:\\WINNT\\system32\\

3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：

export ligplot=/cygdrive/c/ligplot

export ligdir=$ligplot/exe

PATH=$PATH:$ligplot

方法2：

1、解压在D:盘：D:\\ligplot

2、依次修改4个cmd文件中的ligdir变量路径：

set ligdir=D:\\ligplot\\exe

3、根据下面任一方法安装：

1）添加系统环境变量和路径：

win+r -> cmd ->

path=%path%;D:\\ligplot

2）将D:\\ligplot文件夹中的4个cmd文件转移至C:\\WINNT\\system32\\

3）使用cygwin程序，在配置文件（/etc/bash.bashrc）中添加环境变量及路径：

export ligplot=/cygdrive/d/ligplot

export ligdir=$ligplot/exe

PATH=$PATH:$ligplot

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运行：

在字符界面终端输入ligplot，会给出操作提示。（Windows终端可用cmd或者cygwin）

e.g.

$ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

OR

$ligplot.cmd 2cdz.pdb [-n23D] 1591 [-n23D] 1591 A

注：

1）输入文件必须是pdb格式，并且是受体－配体复合物

2）首先确定pdb文件文件中配体的名称及残基编号、链编号。比如2cdz.pdb文件中，配体名称23D，残基编号1591，位于A链。

如果配体名称前有空格，可以用双引号表示，如"-n G"

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输入文件准备：

如果是PDB站点直接下载的结构，可以直接使用。不需要准备。

如果是对接完毕的结构，需要和受体保存在一个

文件中，文件格式为pdb。