组织RNA提取:
一般认为100mg肝组织提取RNA 500ng,100mg肺提取RNA 200ng,脑内的RNA丰度适中,100mg脑组织,提取RNA 5-200ng。所以一个10mg的海马可匀出RNA约为20ng。
反转录反应
反转录反应参照TaKaRa RT-PCR说明书。
反转录反应条件如下。
37°C 15 min(反转录反应)
85°C 5 sec(反转录酶的失活反应)
Real Time PCR反应
选用脑源神经营养因子(BDNF)为目标基因,核糖体18S rRNA(18S rRNA)做为内参。
基因 | 引物序列 | 扩增片段长度 | |
NR2B | NR2B(+) | CCGCAGCACTATTGAGAACA | 213 bp |
NR2B(–) | ATCCATGTGTAGCCGTAGCC | ||
18s rRNA | 18s rRNA(+) | tttgttggttttcggaactga | 198 bp |
18s rRNA(–) | cgtttatggtcggaactacga |
试剂 | 使用量 | 终浓度 |
SYBR® Premix Ex TaqTM(2×) | μl | 1× |
PCR Forward Primer(10 μM) | 1 μl | μM |
PCR Reverse Primer(10 μM) | 1 μl | μM |
模板(cDNA溶液) | μl | |
dH2O | 10 μl | |
Total | 25 μl |
全班40人,分为5组,每组做8管。4管做BDNF,4管做18S rRNA。4管BDNF或者18S rRNA,采用相应的正反PCR引物。每种基因做两个模板,一个模板采用原液浓度,一个模板采用稀释一倍浓度,体积均为 μl。
2)三步法PCR
首先95°C 作用3 min。
PCR进行35个循环。
步骤 | 温度 | 时间 |
变性 | 95°C | 30 秒 |
退火 | 58°C | 30 秒 |
延伸 | 72°C | 30 秒 |
融解曲线
温度 | 时间 | 变温速度 |
95°C | 0秒 | 20°C/秒 |
55°C | 15秒 | 20°C/秒 |
95°C | 0秒 | 0.1°C/秒 |