
植物中的转录因子有相当一部分与抗逆性有关。转录因子参与渗透胁迫的信号转导或功能基因表达,在植物抗渗透胁迫反应中起关键作用。它们在转基因植物中的过量表达会激活许多抗逆功能基因同时表达,获得比单独导入某个功能基因更强的抗逆性。到目前为止,真正被学术界广泛认可的,同时也是近年来被研究得最多的是转录因子DREB[3]所的信号路径。DREB是个小基因家族,编码3个相关的转录活化因子。DREB1A是这个小基因家族的重要成员之一,最早是在拟南芥中被克隆并鉴定的[4]。研究发现,它对抗渗透胁迫基因的启动起着“主开关”的作用,在逆境胁迫下主动相关基因的表达,并在胁迫信号传递中起重要作用。
目前大多采用传统的方式进行植物表达载体的构建,而Gateway克隆技术是一种新的通用型载体构建方法,由Invitrogen公司开发,该技术基于λ噬菌体位点特异性重组原理[5],可以在不同的克隆载体之间实现DNA片段的转移,并保持基因定位和阅读框架不发生改变。Gateway技术由BP和LR两个反应组成,
文章编号:1009-0002(2007)02-0205-04研究报告转录因子DREB1A基因的克隆与Gateway克隆技术构建植物表达载体
佟友丽,赵飞,冯君伟,李玉花
东北林业大学花卉生物工程研究所,黑龙江哈尔滨150040
[摘要]目的:研究转录因子DREB1A在植物抗渗透胁迫反应中的作用,并探讨利用Gateway克隆技术构建植物表达载体的方法。方法:根据GenBank中登录的DREB1A基因的全长mRNA序列设计引物,克隆了拟南芥的转录因子DREBIA基因。根据Gateway克隆技术的要求,设计含有attB接头的引物,利用高保真的PlatinumpfxDNA聚合酶,通过PCR方法在克隆基因的两端加上B序列。通过BP反应将包含有attB接头的PCR产物克隆到含有attP的donor载体上以产生Entry克隆,通过LR反应将已经重组入Entry载体的DREB1A基因再克隆到pH2GW7双元载体。结果:对重组载体pH2GW7-DREB1A的鉴定结果表明成功构建了DREB1A基因的植物表达载体。结论:利用Gateway克隆技术构建植物表达载体简便易行,该结果为遗传转化研究奠定了基础。
[关键词]转录因子DREB1A;Gateway克隆技术;植物表达载体
[中图分类号]Q78[文献标识码]A
CloningofTranscriptionFactorDREB1AGeneandConstructionofPlantExpressionVectorbyGatewayCloneTechnique
TONGYou-li,ZHAOFei,FENGJun-wei,LIYu-hua
ResearchInstituteofFlowerBiotechnology,NortheastForestryUniversity,Harbin150040,China
[Abstract]Objective:ToresearchthefunctionaltheDREB1AgeneinplanttolerancetoosmoticstressandtodeveloptheconstructingwayoftheplantexpressionvectorbyGatewaytechnology.Methods:Apairofprimerwasdesignedac-cordingtothemRNAsequenceofDREB1AgeneinGenBankdatabases,DREB1AofArabidopsisthalianawascloned.TwopairofprimerscontainingattBadapterweredesignedseparatelybyGatewaycloningtechnology.PlatinumpfxDNApolymerasewhichcanreducethenon-specificbindinggreatlywasusedduringtwoPCRinwhichaddingBsequencetotheclonedgene.BytheBPrecombinationreaction,thePCRproductcontainingattBwastransferedtoanattP-containingdonorvectortocreateanentryclone.Finally,DREB1AgenewasshuttedintopH2GW7vectorbyLRrecombinationre-action.Results:TheplantexpressionvectorofpH2GW7-DREB1Awassuccessfullyconstructedbyidentification.Conclu-sion:TheresultsshowedthatitiseasytoconstructaplantexpressionvectorbyGatewaycloningtechnology,anditpro-videsbasicinformationforgenetictransformationwiththisgene.
[Keywords]Transcriptionfactor\\DREB1A\\Gatewaycloningtechnology\\plantexpressionvector
[收稿日期]2006-08-21
[基金项目]国家高技术研究发展计划项目(2006AA10Z129);
东北林业大学校立科研基金资助项目
[作者简介]佟友丽(1976-),女,博士研究生,讲师
[通讯作者]李玉花,(E-mail)lyhshen@mail.hl.cn
LP反应与BR反应方向相反,其基本过程(图1)可以简单表示
为:
BP反应:attB×attP→attL+attR;LR反应:attL×attR→attB+attP。
我们从经低温处理的拟南芥中克隆了DREB1A基因的
cDNA,并应用Gateway克隆技术构建了由CaMV35S启动子
的植物表达载体,为进一步利用DREB1A基因综合改良植物抗逆性提供了物质基础。
1
材料与方法
1.1
材料
哥伦比亚生态型拟南芥幼苗。大肠杆菌菌株DH5α购自大
连宝生物工程有限公司;克隆载体pGEM-T购自Promega公司;
Gateway载体pDONR购自Invitrogen公司;pH2GW7双元载体购
自VIB公司。
Taq酶、氨苄青霉素、壮观霉素、潮霉素、IPTG、X-gal等购自大连宝生物工程有限公司;T4DNA连接酶、EcoRⅤ性内切酶购自Promega公司;PlatinumpfxDNA聚合酶购自Invitrogen公司;逆转录酶ReverTraAce、DNA回收试剂盒购自东洋纺(上海)生物科技有限公司;琼脂糖购自Specifications公司;测序试剂购自Amersham公司;其他各种试剂均为国产分析纯产品。
1.2拟南芥总RNA的提取
将拟南芥离体幼苗置于放有润湿滤纸的培养皿上,4℃低温
处理2h后,于冰上剪取叶片,采用CTAB法提取植物总RNA(步骤略)。
1.3DREB1A基因的PCR扩增
根据GenBank中已经登录的拟南芥DREB1A基因全长
mRNA序列,利用primerpremier5.0软件分别在基因的mRNA
启始密码子上游和终止密码子下游设计长度约25bp的引物。
上游引物:5′-CAACAAAAAAGACAGAGATC-3′;下游引物:5′-TTTACAAACATAATGAAGAT-3′
。以总RNA为模板进行RT反应,条件为42℃20min、99℃
5min。RT反应结束后,采用高保真的PlatinumpfxDNA聚合酶
进行基因全长的PCR扩增,反应条件如下:94℃预变性2min;
94℃变性15s,39℃退火30s,68℃延伸2min,共30个循环;
68℃延伸7min,4℃终止反应。
由于用PlatinumpfxDNA聚合酶扩增只能得到平滑末端产物,所以在PCR反应体系中添加1U的Taq聚合酶,72℃孵育8min,得到具有3'-poly(A)的产物。用琼脂糖凝胶电泳检测反应产物,采用东洋纺(上海)生物科技有限公司的小量胶回收试剂盒纯化。
1.4DREB1A基因的克隆
将具有3'-poly(A)的扩增产物克隆入pGEM-T载体,然后
转化大肠杆菌菌株DH5α,在含有IPTG和X-gal的LB/Amp平板上筛选白色菌落提取质粒。对重组质粒经PCR鉴定后用T7和
Sp6引物分别进行测序PCR反应,纯化反应产物,测定核苷酸序
列,将测序结果在NCBI网站进行BLAST。
1.5克隆基因两侧引入attB重组位点
根据Gateway克隆技术的要求设计B序列引物,用于扩增
带有B序列接头的全长DREB1A基因。鉴于B序列较长(GGGG+25bpattB),故采用2次PCR的方法在克隆基因的上下游各加入一段B序列。设计引物如下:
attB1-DREB1A-F:5′-AAAAAGCAGGCTCAACAAAAAAGACAGAGATC-3′;attB2-DREB1A-R:5′-AGAAAGCTGGGTCCATTTACAAACATAAT-3′
;attB1-adapter-F:5'-GGGGACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCT-3';attB2-adapter-R:5'-GGGGACCACTTTGTACAAGAAAGCTGGGT-3'。
仍然采用PlatinumpfxDNA聚合酶,利用attB-DREB1A上下游引物进行PCR反应,在DREB1A全长基因的上下游加入一部分的B序列,反应条件如下:94℃预变性2min;94℃变性15
s,70℃退火30s,68℃延伸2min,共30个循环;68℃延伸7min,4℃终止反应。然后以此PCR产物为模板,利用attB-adapter
上下游引物进行第2次PCR反应,反应条件如下:94℃预变性2
min;94℃变性15s,66℃退火30s,68℃延伸2min,共30个循
环;68℃延伸7min,4℃终止反应。在PCR反应体系中添加1U的Taq聚合酶,72℃孵育8min,得到具有3'-poly(A)的产物。用琼脂糖凝胶电泳检测反应产物,纯化回收。
1.6带有B序列接头的DREB1A全长基因的克隆
带有B序列接头的DREB1A全长基因的克隆方法与
DREB1A基因的克隆方法相同,见1.4。1.7
BP反应
BP反应的目的在于将含有attB接头的PCR产物克隆到含
有attP的donor载体上以产生Entry克隆。以测序正确的attB-
DREB1A质粒为模板,采用高保真的PlatinumpfxDNA聚合酶,
利用attB-adapter上下游引物进行PCR反应,PCR产物纯化后
图1Gateway
克隆技术原理示意图
1.8BP反应产物的转化及阳性克隆的鉴定
将BP反应产物转化大肠杆菌菌株DH5α,然后提取质粒。用M13正反向引物进行测序PCR反应,纯化反应产物,测定核苷酸序列,以进一步确定阳性克隆。
1.9LR反应
LR反应的目的在于将已经重组入Entry载体的目标基因再克隆到表达载体pH2GW7,以产生表达克隆。LR反应体系中包括Entry克隆100~300ng、pH2GW7载体1μL、5×LRClonaseTM反应缓冲液4μL、LRClonaseTM酶混合物4μL,补充TE缓冲液(pH8.0)至20μL。反应体系置25℃温育16h后加入2μL蛋白酶K溶液,37℃温育10min以终止LR反应。
1.10LR反应产物的转化及阳性克隆的鉴定
将LR反应产物转化大肠杆菌菌株DH5α,提取质粒。对重组质粒进行PCR和酶切鉴定,以确定阳性克隆。
2结果
2.1DREB1A基因的PCR扩增
以拟南芥总RNA为模板,采用ReverTraAce进行反转录。以反转录得到的cDNA第一条链为模板,采用高保真的PlatinumpfxDNA聚合酶进行PCR扩增,得到约800bp左右的DNA片段(图2),与GenBank中报道的长度一致,且PCR产物量满足回收纯化要求。
2.2DREB1A基因的克隆
PlatinumpfxDNA聚合酶具有3'到5'外切酶活性,能够消除错误碱基配对,降低错配率,而且热稳定性优良,但是不能自动在PCR产物的3'端加poly(A)。在PCR结束后的反应体系中加入Taq聚合酶,72℃孵育得到了具有3'poly(A)的产物,将其与具有poly(T)粘性末端的pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌菌株DH5α后,鉴定阳性克隆。对pGEM-T载体上的插入序列进行核苷酸序列测定,结果表明该片段长度为815bp,与GenBank中报道的拟南芥序列的核苷酸同源性达100%。
2.3克隆基因两侧引入attB重组位点
Gateway克隆技术要求在克隆基因的上下游两端加入特定的B序列接头,这样才能保证含有attB接头的DREB1A全长基因的PCR产物克隆到含有attP的donor载体上以产生Entry克隆。利用设计的2组PCR引物,分别进行2次PCR反应后,获得含有B序列的DREB1A全长基因PCR产物(图3)。
2.4带有B序列接头的DREB1A全长基因的序列测定仍然利用T7和Sp6引物分别进行测序PCR反应,对反应产物进行纯化后,在DNA序列测定仪上进行序列测定,结果如图4,显示DREB1A全长基因两端已经加入了B序列接头,并且读码框正确,未发生移码现象。
2.5BP反应后阳性克隆的鉴定
BP克隆酶可以在含有attB位点的PCR产物和pDONR221载体的特定位点同时发生切割作用,将pDONR221载体上的ccdB位点切下,替换成DREB1A基因的cDNA片段,构建含有卡那霉素抗性位点的Entry克隆。将BP反应产物转化大肠杆菌菌株DH5α后,用卡那霉素进行初步筛选。pDONR221载体上含有M13测序引物结合位点,所以可以使用M13正反向测序引物完成测序PCR反应。测序结果表明,DREB1A全长基因已经被插入pDONR221载体中。
2.6LR反应后阳性克隆的鉴定
LR克隆酶可以在Entry克隆和植物表达载体pH2GW7的特定位点同时发生切割作用,将Entry克隆上的DREB1A基因和植物表达载体pH2GW7上的ccdB基因切下,同时发生置换,将GGGGACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTCAACAACAAAAAAGACAGAGATCTTTTAGTTACCTTATCCAGTTTCTTGAAACGAGTACTCTTCTGATCAATGAACTCATTTTCTGCTTTTTCTGAAATGTTTGGCTCCGATTACGAGTCTTCGGTTTCCTCAGGCGGTGATTATATTCCGACGCTTGCGAGCAGCTGCCCCAAGAAACCGGCGGGTCGTAAGAAGTTTCGTGAGACTCGTCACCCAATATACAGAGGAGTTCGTCGGAGAAACTCCGGTAAGTGGGTTTGTGAGGTTAGAGAACCAAACAAGAAAACAAGGATTTGGCTCGGAACATTTCAAACCGCTGAGATGGCAGCTCGAGCTCACGACGTTGCCGCTTTAGCCCTTCGTGGCCGATCAGCCTGTCTCAATTTCGCTGACTCGGCTTGGAGACTCCGAATCCCGGAATCAACTTGCGCTAAGGACATCCAAAAGGCGGCGGCTGAAGCTGCGTTGGCGTTTCAGGATGAGATGTGTGATGCGACGACGGATCATGGCTTCGACATGGAGGAGACGTTGGTGGAGGCTATTTACACGGCGGAACAGAGCGAAAATGCGTTTTATATGCACGATGAGGCGATGTTTGAGATGCCGAGTTTGTTGGCTAATATGGCAGAAGGGATGCTTTTGCCGCTTCCGTCCGTACAGTGGAATCATAATCATGAAGTCGACGGCGATGATGACGACGTATCGTTATGGAGTTATTAAAACTCAGATTATTATTTCCATTTTTAGTACGATACTTTTTATTTTATTATTATTTTTAGATCCTTTTTTAGAATGGAATCTNCATTATGTTTGTAAATGGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTGGTCCCC
图4含B序列接头的DREB1A的核苷酸序列
图2PCR扩增产物电泳图谱M:DL2000Marker;1:PCR产物
图3克隆基因DREB1A两侧引入attB位点
M:DL2000Marker;1:DREB1A全长基因;
2:带有部分B序列的DREB1A;3:带有B序列的DREB1A
佟友丽等:转录因子DREB1A基因的克隆与Gateway
克隆技术构建植物表达载体207生物技术通讯
LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.18No.2Mar.,2007
DREB1A基因转移到植物表达载体pH2GW7上,而ccdB基因又结合到pDONR221载体上,这样就构建了含有壮观霉素抗性标记、潮霉素植物选择标记以及CaMV35s启动子的DREB1A基因的植物表达载体pH2GW7-DREB1A,图5为酶切鉴定图谱,图6为重组质粒图谱。构建的植物表达载体可以用于多种方式的遗传转化研究。
3讨论
目前,植物表达载体的构建大多采用传统的酶切和连接方法,操作复杂且克隆效率低,载体与宿主系统之间具有较强的依赖性。Gateway克隆技术是一种位点特异的DNA重组技术,它整合了各种载体的技术平台,克服了传统的酶切和连接方法构建载体的种种缺陷,能够将基因高效地克隆到一个或多个与Gate-way克隆技术兼容的载体系统中。与其他载体构建的方法相比,Gateway克隆技术具有明显优势,操作简单快捷,通用性强,克隆效率高于90%,且能保持基因定位和阅读框架不发生改变。在中间载体和表达载体上含有ccdB基因,ccdB蛋白可阻挠大肠杆菌DNA促旋酶的重新聚合,故携带有此基因的载体无法在大肠杆菌中繁殖,只有发生重组被目的基因片段替换掉后,才可以使宿主菌不受影响,这就大大减低了载体构建过程中的假阳性[6]。因此,与其他植物表达载体构建方法相比,Gateway克隆技术具有明显的优势。
DREB转录因子在植物的抗逆反应中起着关键作用,它可以激活具有DRE顺式作用元件的一系列抗逆功能基因的表达,如可激活rd29A、cor15a、kin1等[7,8]。这些基因的表达产物在植物抗逆反应中发挥着不同的功能,从而使得植株的抗逆性提高。目前,已经发现DREB转录因子的基因至少有12种之多。由此可见,利用DREB转录因子构建植物表达载体进行植物抗逆性的遗传改良前景极佳。
参考文献
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图5pH2GW7-DREB1A的酶切图谱M:DL2000Marker;1:EcoRⅤ酶切pH2GW7-DREB1A图6植物表达载体pH2GW7-DREB1A
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