GROMACS关键字

1-1 include = … ; 指定拓扑结构目录

1-2 define =      ; 预处理控制拓扑文件

-DPOSRES ; 位置restraints

            -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水

2 Run control

2-1 integrator  =     ; 指定积分算法（仅给出常用算法）

              md ; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分

                steep ; 最陡下降法，用于能量最小化

                cg ；共轭梯度法; 用于能量最小化（需双精度，且先需做steep）

2-2 tinit =    ; 模拟开始时刻(仅用于md、sd、bd）

2-3 dt   =    ; 积分步长(仅用于md、sd、bd) 

2-4 nsteps =  ; 积分或能量最小化步数(-1为无穷大)

2-5 init_step = ; 起始步

2-6 comm_mode =     ; 质心运动控制

                  Linear ; 质心平移

                  Angular ; 质心平移及绕心转动

                  No ；无

2-7 nstcomm =     ; 质心移动频率（默认为10步）

2-8 comm_grps =   ; 组质心设定，默认为整个体系

3 Langevin dynamics

4 Energy minimization

4-1 emtol =     ; 能量最小化收敛值，默认为10.0 KJ mol-1 nm-1

4-2 emstep =    ; 初始步长，默认为0.01 nm

(4-1/2 用于steep)

4-3 nstcgsteep  =   ; 共轭梯度法能量最小化步数，默认1000步

5 Shell Molecular Dynamics

6 Test particle insertion

7 Output control

7-1 nstxout  =   ; 坐标保存到轨迹文件的频率，默认100步

7-2 nstvout  =   ; 速度保存到轨迹文件的频率，默认100步

7-3 nstfout   =   ；力保存到轨迹文件的频率，默认0步

7-4 nstlog   =    ；log文件更新频率，默认100步

7-5 nstcalcenergy  =    ；能量计算频率

                     0 ； 从不计算

                     -1；默认，与nstlist更新频率一致，双截断为公倍数

7-6 nstenergy     =    ； 能量保存到轨迹文件的频率，默认100步，

必须是nstcalcenergy的倍数

7-7 nstxtcout      =    ；坐标保存到xtc轨迹文件的频率，默认100步    

7-8 xtc_precision  =     ；xtc轨迹文件精度，默认1000

7-9 xtc_grps =    ；保存到xtc轨迹文件的组，nstxtcout需大于0

7-10 energygrps   =  ；保存能量的组（组的名称）

8 Neighbor searching

8-1 nstlist   =   ；邻近列表更新频率，默认10步

8-2 ns_type =    ；邻近列表搜索方法

             grid ； 网格搜索

             simple ； 简单搜索

8-3 pbc    =    ； 周期性边界条件Periodic boundary conditions

            xyz ；使用周期性边界条件Periodic boundary conditions

            no ； 没有周期性边界条件

            xy ; 尽在xy方向使用周期性边界条件

8-4 periodic_molecules =  no  ；分子是有限的

                          yes ； 分子是无限的，使用周期性边界条件

8-5 rlist   =   ; 短程邻近列表截断，默认1 (nm)

8-6 rlistlong =  ；长程邻近列表截断，默认-1(nm)，需配合双程截断

9 Electrostatics

9-1 coulombtype   =   PME; 库伦计算方式 particle mesh ewald

9-2 rcoulomb   =    ；短程库伦截断，默认0.9(nm)

9-3 

10 VdW

10-1 VdWtype  =    ；范德华力计算方式

 Cut-off ； 

10-2 rvdw   =     ；短程范德华力截断，默认1 nm

10-3 DispCorr =   ；色散校正

               no ； 不修正

               EnerPres ； 使用长程色散校正能量和压力

               Ener ； 使用长程色散校正能量

11 Tables

12 Ewald

12-1 fourierspacing  =    ； FFT傅里叶变换格点间距，默认0.12nm，与PME同时使用

12-2 fourier_nx (0) ; fourier_ny (0) ; fourier_nz: (0)  ？？？？

12-3 pme_order =   ；PME插值，默认4表示3次插值，并行式可使用6//8/10，同时减少格点间距

13 Temperature coupling

13-1 tcoupl  =     ；指定热耦合方法

               no  ； 不使用

               berendsen 

nose-hoover

v-rescale

13-2 nsttcouple   =   ；热耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致

13-3 tc_grps     =   ；热耦合组

13-4 tau_t     =    ；热耦合时间常数，ps，-1，表示不耦合，个数对应组

13-5 ref_t     =    ；参考温度——恒温值，个数对应组

14 Pressure coupling

14-1 pcoupl   =   ； 指定压力耦合方式

no ； 不耦合，即固定盒子大小

berendsen 

Parrinello-Rahman

14-2 pcoupltype  =   ； 

                 isotropic  ； 盒子各向同性

                 semiisotropic ； x/y 方向同性，z向不同性，需2值分别对应x/y和z，一般用于膜模拟

                 anisotropic  ； 各向异性

                 surface-tension ； xy平面张力耦合

14-3 nstpcouple =   ；压力耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致，速度积分时设为1

14-4 tau_p   =    ； 压力耦合时间常数，默认1 ps

14-5 compressibility =   ；水可压缩性，1 bar300 K时为4.5e-5 bar-1

14-6 ref_p  =    ；参考压力——恒压值 ， 一般为1 bar

14-7 refcoord_scaling  =   ；？？？？？坐标尺寸？？

                        no ； 坐标不被修改，默认值

                        all

                        com

15 Simulated annealing

15-1 annealing   =    ；指定每个温度组别的退火算法 

                  no ； 不进行模拟退火，仅耦合参考温度值

                  single ； 单序模拟退火，若模拟时间长于升温的最后时间，则之后是耦合温度

                 periodic ； 从最初的温度开始，到最后的温度，在整个模拟时间里面反复进行

15-2 annealing_npoints =  ；退火参考/控制点数，与温度组别值相等，0表示不使用退火

15-3 annealing_time =    ； 每个温度组别退火时间，若使用周期性退火，则在最后一个值再开始退火，ps，个数与annealing_npoints的值一致

15-4 annealing_temp =   ； 退火温度组别，个数与annealing_npoints的值一致

16 Velocity generation

16-1 gen_vel   =   ； 速度生成

                no ；不生成速度。输入文件没有速度，则为0

                yes ； 根据麦克斯韦速度分布函数生成速度，只对md有意义

16-2 gen_temp   =   ；体系温度，用于麦克斯韦速度分布

16-3 gen_seed   =   ； 初始速度初始随机数，-1表示为进程的ID数

17 Bonds

17-1 constraints  =    ； 键约束

none ； 没有约束，除了特意指明的外

hbonds ；氢键约束

all-bonds ；所有键约束

h-angles  ；所有氢键键长和键角约束

all-angles ；所有键长键角约束

17-2 constraint_algorithm  =     ；约束算法

                           LINCS ； 不能用于角度约束

                           SHAKE ；比LINCS慢且不稳定；不能用于能量最小化

17-3 continuation  =     ； 

no ； 初始构象应用约束，并复位，第一次md

yes ； 初始构象不约束，不复位，用于精确地继续计算或重计算

17-4 shake_tol    =    ；默认0.0001， SHAKE相对容忍度

17-5 lincs_order  =    ；约束耦合矩阵阶次，用于LINCS精度，默认4

17-6 lincs_iter    =    ； 迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1

17-8 lincs_warnangle  =  ；键最大旋转角度，默认30°

17-9 morse  =    ；

              no  ；键为谐波势能

              yes ；键为morse势能

18 Energy group exclusions

18-1 energygrp_excl    =    ；排除一对组之间的非键相互作用，在能量计算等方面应用

19 Walls

20 COM pulling

20-1 pull   =     ；

             no ； 没有质心拉伸，一般不写，因为会产生警告

             umbrella ； 伞形势能拉伸质心

             constraint ； ………….待续

21 NMR refinement

21-1 disre   =    ；

              no ； 没有距离

              simple ； ……………待续

22 Free energy calculations

22-1 free_energy   =    ； 

                    no  ；仅适用拓扑A

                    yes ； lambda插值，在拓扑A（lambda=0）和拓扑B（lambda=1）之间插入lambda值……………待续

23 Non-equilibrium MD

23-1 

24 Electric fields

25 Mixed quantum/classical molecular dynamics

26 Implicit solvent

27 User defined thingies