mysql-求助:用主键UPDATE很慢

最近遇到了个问题, 我实在是找不到原因了, 求求各位帮帮忙, 谢谢各位啦!

最近在mysql的慢查询日志里发现了大量类似这样的记录

# Time: 150625 19:02:36# User@Host: admin[admin] @ [10.8.10.6]# Query_time: 4.962537 Lock_time: 0.000050 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1SET timestamp=1435230156;UPDATE `player` SET `last_login_time`=1435230010, `last_login_ip`='110.159.152.214', `last_login_line`=1, `online_flag`=1 WHERE id=124;

1. id 是主键, InnoDB , 表长度是4000行
2. Lock_time, Rows_sent , Rows_examined都不高, 但Query_time很高, 有一些都超过了10秒,
3. 相反一些没有加索引, 需要遍历整张表的查询Query_time才0.03秒
4. 连接使用是长链接, 连接总数为10-20
5. 流量: 接收约 10M/小时 , 发送约90M/小时
6. mysql的平均请求次数为 每秒: 17次
7. mysql版本5.1.17, 5.5.44 都试过结果一样
8. 服务器配置为8核16G, CentOS 6.5 . cpu,内存,io 使用率都不高 , 均在10%以下
9. 经常同一时间出现多条慢查询

附件:
http://pan.baidu.com/s/1hq3tQDY
这个里是当前mysql的运行状态,配置参数和部分慢查询日志

求各位帮个忙, 最近被搞的焦头烂额的.先谢谢各位啦!